1993年（この年は独立・同時多発的に5本のPMF法に関する論文が発表され、まさにPMF法の当たり年でした）、Darryl Pappin（Imperial Cancer Research Fund, UK）とAlan Bleasby（SERC Daresbury Laboratory, UK）はPMF法によってタンパク質を同定するプログラム「MOWSE」を発表しました。MOWSE は MOlecular Weight SEarchを組み合わせました。MOWSE の第一の特徴はインデックス化された配列データベースです。Alan Bleasby が開発した「DELPHOS」（OWLタンパク質データベースと並行して開発された構造化言語）を利用して配列データベースをインデックス化することにより検索と配列データの抽出を高速化していました。第二の特徴はスコアリングアルゴリズムです。消化酵素による切断によって得られたペプチド群の不均一な分布状態を初めて考慮しました。また、電子メールサーバを利用した検索投入の方法を採用していましたが、これも当時としては新たな試みでした。
その後発表した「MOWSE II」はアミノ酸配列とアミノ酸構成による検索モードをサポートしていました。1996年の発表に先立ち、すでに1994年にはCGIプログラムとして動作する検索システムとして公開されていました。MOWSE II は高速に動作する検索エンジンの他にいくつかの優れた機能を持っていましたが、逆にこれらの優位性を実現するために使われていたインデックス化された配列データベースが弱点になり始めていました。新しい消化酵素を使いたい場合や、化学修飾・翻訳後修飾されたアミノ酸残基を考慮したい場合、配列データベースを再度インデックス化する必要があったためです。すなわち、検索条件を変更しながら連続的・インタラクティブに検索を実行することは実質的に不可能であり、新たな仕組みを考案する必要がありました。
1997年、これまでの制限をなくし、より使いやすい検索システムにするために、MOWSE の改良に着手しました。懸案であった配列データベース構造については、全面的にプログラムコードを書き換え、FASTA形式の配列データベースから直接に、しかもリアルタイムに質量を計算するようにしました。1997年の終わり頃から、Darryl Pappinの研究グループにいたDavid Perkinsが新しいプログラムコードの開発に着手しました。DavidはDarrylやAlan同様、Leed大学のJohn Findlayの研究グループ出身で、OWLデータベースの開発を続けながら、タンパク質の配列解析や構造の可視化に関する新しい方法論を研究していました。
新しいプログラムコードは、最初からパラレルコンピューティングが実行できるようにデザインされていました。また、MS/MSプロダクトイオン質量データを取り扱えるように"ions"キーワードをサポートしました。この機能追加は小さな項目でしたが、うまく動作することが確認され、後に強力なタンパク質同定手法となる「MS/MSイオンサーチ法」を実現する第一歩となりました（MS/MS質量データに対する検索手法はすでにJohn YatesとJimmy Engによって発表され、Sequest 検索システムに採用されていました）。新しいプログラムコードは「MOWSE III」として完成し、ICRF内で利用され始めました。MOWSE III は全ての検索手法、すなわちPMF、MS/MSプロダクトイオン検索法、アミノ酸配列とアミノ酸構成による検索法をサポートしており、また、あらゆる FASTA形式の配列データベースに対して検索できるように、質量計算は直接に、しかもリアルタイムに実行していました。さらに、実際の消化酵素切断特性に基づいた信頼性の高いスコアリングアルゴリズムが使用されていました。
1998年の中頃、ICRFは MOWSE を広く一般研究者にも公開・配布するため、外部のバイオインフォマティクス企業と協業することを決定し、弊社はその決定を受けて MOWSE の継続的な開発と配布に関してICRFとライセンス契約を締結しました。弊社が配布するプログラムは、すでにパブリックドメインとして配布されていた古いバージョンの MOWSE との混同を避けるため、新しい名称を採用することとし、「Mascot」と命名しました。弊社は、SGI、SUN、DEC、Windows NTなどの様々なプラットフォームに Mascot を移植するとともに、全自動・大量処理を可能とするタンパク質同定システムとして再構築しました。1998年には、一般研究者が自由にMascot検索システムを利用できるように、インターネット上に無料Mascot検索サイトをオープンしました。また、1999年にはMascot検索サイトをイントラ内に構築したいお客様向けに、Mascot検索システムの販売を開始しました。その後も弊社はICRFの協力の下でMascot検索システムのお客様サポート並びに機能拡張に努めています。